登記には、所有権の保存登記、移転登記などがあり、住宅ローンの契約を結んだときは担保を設定するために抵当権設定登記が必要になります。
その際に登録免許税が課税されます。登録の手続きは、司法書士に依頼し、司法書士が納税まで代行するのが一般的です。
登録免許税は、次の式で算出します。

税額=課税標準×税率

課税標準は原則として、その年の1月1日現在の固定資産税評価額です。税率は登記の内容により異なります。
土地の固定資産税評価額については、平成15年3月31日までの登記分の限り、3分の1に緩和されます。
マイホームを取得した場合に、一定の条件を満たす住宅には、登録免許税の軽減措置があります。ただし、建物だけが対象で、土地には適用されません。

登記の種類と登録免許税の税率(中古住宅の場合)
内 容 登記の種類 本来の税率 軽減措置
中古住宅を購入した 土地 所有権移転登記 評価額×1% なし
建物 所有権移転登記 評価額×1% 評価額×0.3%
ローンを借りた 抵当権設定登記 債権額(借入額)×0.4% 債権額(借入額)×0.1%
※抵当権設定登記は公庫の場合は非課税

登録免許税の軽減措置の条件

<中古住宅>
●自分が住む家
●床面積が登記簿上で50平方メートル以上
●取得してから1年以内に登記が行われる
●建築後、住宅地として使用された家屋
●築20年以内(マンションなど耐火構造の住宅は25年以内)
●住宅の所在地の市区町村長の「既存住証明」がある
●平成17年3月31日までに取得した住宅
<住宅ローンの抵当権設定登記>
上の条件を満たす中古住宅を購入するためのローン